文件归档整理规定主要涉及以下几个方面：
归档文件整理原则
遵循文件形成规律，保持文件之间的有机联系。
简化整理措施，使文件整理成为文件形成后的自然延续过程。
推行档案分类方案、文件材料归档范围和档案保管期限表三合一制度。
归档文件整理方法
归档文件一般以件为单位进行保管。
按照组件、分类、排列、修整、装订、编页、编号、编目、装盒、排架等步骤进行规范化整理。
归档文件“件”内文件排序
正文在前，附件在后。
正本在前，定稿在后。
转发文在前，被转发文在后。
原件在前，复制件在后。
不同文字的文本，汉文文本在前，少数民族文字文本在后。
中文本在前，外文本在后。
来文与复文作为一件时，复文在前，来文在后。
归档文件的排列原则
遵循文件的形成规律，保持文件之间的有机联系。
区分不同价值，便于保管和利用。
已破损的文件应予修整，字迹模糊或易褪变的文件应予复制。
归档时间
实行定期归档，一般移交时间在第二年上半年，特殊情况下可推迟至下半年。
归档范围
反映本机关工作活动、具有查考利用价值的文件材料均属归档范围。
归档案卷的质量要求
文件材料必须完整、准确、系统，能够反映工程建设活动的全过程。
文件材料应组成符合要求的案卷，案卷标题应简明确切，便于保管和利用。
特殊规定
工程档案一般不少于两套，一套由建设单位保管，一套（原件）移交当地城建档案馆（室）。
治理工程文件的归档整理应遵循《地质资料管理条例》及其实施办法。
以上是文件归档整理的基本规定，具体实施时还需参照最新的国家档案局发布的相关法规和标准。