工程设计费用的收费标准主要参照《工程勘察设计收费管理规定》（计价格10号）。具体收费方式如下：
基本收费
工程设计费通常根据计费额所在相对应的区间内，采用插入法计算设计收费基价。
设计收费基价是完成基本服务的价格，具体收费标准可查阅相关收费文件。
调整系数
专业调整系数：根据工程所属行业的特点进行调整。
工程复杂程度调整系数：根据工程的复杂程度进行调整，如房屋建筑工程的复杂程度分为I级、II级、III级等。
附加调整系数：根据其他特定因素进行调整。
折扣：根据具体情况对基本收费进行折扣，如5折等。
计算示例
某房屋建筑工程项目，工程复杂程度为III级，计费额为12800万元，按照计价格10号标准打5折，计算项目工程设计收费（不计其他设计收费）如下：
设计基价表查询：估算投资10000万元~20000万元，收费304.8~566.8万元，计算费用基准价：（566.8-304.8）*（12800-10000）/（20000-10000）+304.8=378.16万元。
行业调整系数：6（建筑市政工程-建筑、市政、电信工程）。
复杂调整系数：7.3（建筑市政工程-7.3.1建筑、人防工程-III级）。
附加调整系数：1。
最终费用：378.16*1.0*1.15*1*0.5=2174.42万元。
其他收费项目
初步设计或施工图设计按照各占比例乘以1.1计算收费。
标准设计、复用设计按照同类新设计项目的20%收费。
工程技术咨询服务每工日85元。
市场调节价
对于市场调节价的建设工程监理与相关服务收费，由发包人和监理人协商确定收费额。
请注意，这些收费标准可能会根据最新的政策调整而发生变化，建议在具体项目中参照最新的政府指导价或市场协商确定。