土地确权纠纷处理程序主要包括以下几个步骤：
协商解决
发生土地确权纠纷时，当事人首先应尝试通过协商的方式解决争议。双方应本着公平、公正和互谅互让的原则，直接进行磋商，自行解决纠纷。协商后，应签署书面协议，该协议由当事人自愿执行，没有法律约束力。如果一方后悔，另一方可以申请人民政府土地管理部门进行调处。
第三方仲裁
如果协商无法达成一致，当事人可以委托第三方进行仲裁。常见的仲裁机构包括仲裁委员会和行业协会等。仲裁结果具有法律效力，当事人应予以履行。如果对仲裁结果不服，可以在法定期限内向人民法院提起诉讼。
政府调处
当事人也可以向当地人民政府或其土地管理部门申请处理。单位之间的争议由县级以上人民政府处理，个人之间或个人与单位之间的争议由乡级人民政府或县级以上人民政府处理。当事人对人民政府的处理决定不服的，可以在接到处理决定通知之日起三十日内向人民法院提起诉讼。
法院诉讼
如果仲裁无法解决争议，或者当事人对人民政府的处理决定不服，可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，当事人需要提供充分的证据来支持自己的主张，法院将根据法律规定和证据进行审理，并作出具有法律效力的判决。
履行判决
当法院做出判决后，当事人应尽快履行判决结果。如果当事人有上诉权利且上诉不影响执行的，可以进行上诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
建议
及时解决：当事人应尽早发现并解决土地确权纠纷，避免长期拖延影响土地利用和权益。
收集证据：在处理纠纷前，应充分收集相关证据，包括土地权属证明、合同、协议等，以便在协商、仲裁或诉讼过程中提供支持。
选择适当方式：根据纠纷的性质和具体情况，选择协商、仲裁或诉讼等合适的解决方式，以节省时间和成本。
以上程序仅供参考，具体操作中，建议咨询专业律师或土地管理部门，以确保合法合规地解决土地确权纠纷。