交通运输行政执法程序规定的主要内容包括：
总则
目的：规范交通运输行政执法行为，保护合法权益，依据相关法律制定。
适用范围：适用于交通运输行政执法部门及其执法人员的行政检查、行政强制、行政处罚等执法行为。
原则：事实认定清楚、证据确凿；适用法律正确；执行法定程序；正确行使自由裁量权；公平公正履行职责；维护当事人合法权益；处罚与教育相结合。
一般规定
管辖：
行政处罚由违法行为发生地的执法部门管辖。
行政检查由执法部门在法定职权范围内实施。
管辖权争议：协商解决，协商不成时由共同上一级部门指定管辖。
送达：经受送达人同意，可采用电子方式送达执法文书。
特别规定
监督检查：上级执法部门应定期评议考核，规范执法行为，接受社会监督。
案件移送：发现不属于本部门管辖或涉嫌犯罪时，应及时移送。
检查生产经营场所
规定：有被检查人或见证人在场。
以上是交通运输行政执法程序规定的主要内容。