商调函和调档函的区别主要体现在以下几个方面：
发文单位
商调函通常由没有隶属关系的地区、部门或国有单位之间发出，用于人才流动。
调档函则是由人社局下属的人才市场或具有档案保管资格的单位发出，用于调取档案。
人员身份
有干部身份的人员在调动时开具商调函，而没有干部身份的人员则开具调档函。
档案流动方向
平级单位之间调动档案使用调档函，下级单位向上级单位调动档案则使用商调函。
格式和使用范围
商调函的格式通常用于企业或人才市场之间的人才流动，而调档函的格式仅适用于国家事业单位之间的人才调动。
内容和用途
商调函主要包含调取档案的原因、种类、份数和方式等内容，用于商业机密文件的调取，如企业合作、交易、兼并等。
调档函则包含调取档案的单位、原因、种类和份数等内容，主要用于行政文件的调取，如政府机构间的信息共享、行政审批、案件调查等。
法律依据
商调函和调档函均依据《中华人民共和国档案法》的相关规定，但具体应用有所区别。
总结：
商调函和调档函的主要区别在于发文单位、人员身份、档案流动方向、格式和使用范围。商调函适用于企业或人才市场之间的人才流动，而调档函适用于国家事业单位之间的人才调动。两者在内容和用途上也有明显的不同，商调函主要用于商业机密文件的调取，调档函则用于行政文件的调取。