增值税专用发票管理办法包含以下主要内容：
发票管理原则
发票管理工作应坚持和加强党的领导，为经济社会发展服务。
国务院税务主管部门统一负责全国的发票管理工作，省、自治区、直辖市税务机关依据职责做好本行政区域内的发票管理工作。
财政、审计、市场监督管理、公安等有关部门在各自的职责范围内，配合税务机关做好发票管理工作。
发票印制与使用
增值税专用发票由国务院税务主管部门确定的企业印制，其他发票按照国务院税务主管部门的规定，由省、自治区、直辖市税务机关确定的企业印制。禁止私自印制、伪造、变造发票。
印制发票的企业应当具备下列条件：取得印刷经营许可证和营业执照；设备、技术水平能够满足印制发票的需要；有健全的财务制度和严格的质量监督、安全管理、保密制度。税务机关应当按照政府采购有关规定确定印制发票的企业。
发票包括纸质发票和电子发票，电子发票与纸质发票具有同等法律效力。国家积极推广使用电子发票。
增值税专用发票的领用与开具
专用发票是增值税一般纳税人销售货物或者提供应税劳务开具的发票，是购买方支付增值税额并可按照增值税有关规定据以抵扣增值税进项税额的凭证。
一般纳税人应通过增值税防伪税控系统使用专用发票，包括领购、开具、缴销、认证纸质专用发票及其相应的数据电文。
专用发票由基本联次或者基本联次附加其他联次构成，基本联次为三联：发票联、抵扣联和记账联。发票联作为购买方核算采购成本和增值税进项税额的记账凭证；抵扣联作为购买方报送主管税务机关认证和留存备查的凭证；记账联作为销售方核算销售收入和增值税销项税额的记账凭证。
发票的保管与缴销
国境内印制、领用、开具、取得、保管、缴销发票的单位和个人必须遵守本办法。
对违反发票管理法规的行为，任何单位和个人可以举报。税务机关应当为检举人保密，并酌情给予奖励。
税务机关代开增值税专用发票
代开专用发票是指主管税务机关为所辖范围内的增值税纳税人代开专用发票，其他单位和个人不得代开。
主管税务机关应设立代开专用发票岗位和税款征收岗位，并分别确定专人负责代开专用发票和税款征收工作。
代开专用发票统一使用增值税防伪税控代开票系统开具。非防伪税控代开票系统开具的代开专用发票不得作为增值税进项税额抵扣凭证。
增值税纳税人发生增值税应税行为、需要开具专用发票时，可向其主管税务机关申请代开。申请代开专用发票时，应填写《代开增值税专用发票缴纳税款申报单》，连同税务登记证副本，到主管税务机关税款征收岗位按专用发票上注明的税额全额申报缴纳税款，同时缴纳专用发票工本费。
这些管理办法旨在规范增值税专用发票的使用行为，加强税务机关对专用发票的管理，防范不法分子利用代开专用发票进行偷骗税活动，并优化税收服务。