食品经营许可证管理办法主要包括以下几个方面：
原则
食品经营许可应当遵循依法、公开、公平、公正、便民、高效的原则。
一地一证原则
食品经营者在一个经营场所从事食品经营活动，应当取得一个食品经营许可证。
分类许可
食品药品监督管理部门按照食品经营主体业态和经营项目的风险程度对食品经营实施分类许可。
申请与受理
申请食品经营许可，应当先行取得营业执照等合法主体资格。企业法人、合伙企业、个人独资企业、个体工商户等，以营业执照载明的主体作为申请人。机关、事业单位、社会团体、民办非企业单位、企业等申办单位食堂，以机关或者事业单位法人登记证、社会团体登记证或者营业执照等载明的主体作为申请人。
备案
仅销售预包装食品的，应当报所在地县级以上地方市场监督管理部门备案。仅销售预包装食品的食品经营者在办理备案后，增加其他应当取得食品经营许可的食品经营项目的，应当依法取得食品经营许可。
监督检查
县级以上地方食品药品监督管理部门负责本行政区域内的食品经营许可管理工作，并应当加快信息化建设，在行政机关的网站上公布经营许可事项，方便申请人采取数据电文等方式提出经营许可申请，提高办事效率。
这些管理办法旨在规范食品经营许可和备案活动，加强食品经营安全监督管理，落实食品安全主体责任，保障食品安全。