政府采购质疑回复函的格式通常包括以下几个部分：
标题：
通常会包含“政府采购质疑回复函”或“关于政府采购项目质疑的答复”等字样。
编号：
为了便于管理和追踪，每个质疑回复函都会有一个唯一的编号。
供应商信息：
包括供应商的名称、地址、法定代表人、委托代理人等信息。
采购项目信息：
包括采购项目的名称、编号、合同编号等。
质疑事项：
详细列出供应商提出的具体质疑事项。
事实依据和法律依据：
供应商需要提供支持其质疑的事实依据和相关法律法规条款。
诉求：
供应商提出的具体诉求，如要求重新评审、撤销中标结果等。
审查意见：
采购人或被质疑人会对供应商的质疑进行审查，并给出答复。
附件：
如果有相关的证明材料，如合同副本、通信记录等，可以作为附件附在回复函后面。
日期和签字：
回复函需要注明答复的日期，并由采购人或被质疑人签字或盖章确认。
其他信息：
包括采购代理机构的信息、采购过程、评审专家信息等。
投诉指引：
如果供应商对答复不满意，可以在规定的时间内向同级财政部门提起投诉。
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政府采购质疑回复函
编号：[具体编号]
供应商名称：[供应商名称]
地址：[供应商地址]
法定代表人：[法定代表人姓名]
委托代理人：[委托代理人姓名]
采购项目名称：[采购项目名称]
采购项目编号：[采购项目编号]
质疑事项：
1. [质疑事项1]
2. [质疑事项2]
3. [质疑事项3]
事实依据和法律依据：
1. [事实依据1]
2. [法律依据1]
3. [事实依据2]
4. [法律依据2]
诉求：
1. [诉求1]
2. [诉求2]
3. [诉求3]
审查意见：
1. [审查意见1]
2. [审查意见2]
附件：
1. [附件1]
2. [附件2]
日期：[答复日期]
采购人（或采购代理机构）名称：[采购人（或采购代理机构）名称]
采购人（或采购代理机构）地址：[采购人（或采购代理机构）地址]
采购人（或采购代理机构）法定代表人：[采购人（或采购代理机构）法定代表人姓名]
采购人（或采购代理机构）签字（或盖章）：[采购人（或采购代理机构）签字（或盖章）]
如对本答复不满意，可以在答复期满后十五个工作日内向同级政府采购监管部门提出投诉。
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请注意，实际的回复函格式可能会根据具体的采购项目、法律法规和采购流程有所不同。在准备回复函时，应确保所有内容符合相关法律法规的要求，并且清晰、准确地传达信息。