食品微生物检测的国标主要包括以下几项：
GB 4789.1—2010：
食品微生物学检验总则。
GB 4789.2—2010：
食品微生物学检验菌落总数测定。
GB 4789.3—2010：
食品微生物学检验大肠菌群计数。
GB 4789.4—2010：
食品微生物学检验沙门氏菌检验。
GB 4789.5—2012：
食品微生物学检验志贺氏菌检验。
GB/T 4789.6—2003：
食品卫生微生物学检验致泻大肠埃希氏菌检验。
GB/T 4789.7—2008：
食品卫生微生物学检验副溶血性弧菌检验。
GB/T 4789.8—2008：
食品卫生微生物学检验小肠结肠炎耶尔森氏菌检验。
GB/T 4789.9—2008：
食品卫生微生物学检验空肠弯曲菌检验。
GB 4789.10—2010：
食品微生物学检验金黄色葡萄球菌检验。
GB/T 4789.11—2003：
食品卫生微生物学检验溶血性链球菌检验。
GB/T 4789.12—2003：
食品卫生微生物学检验肉毒梭菌及肉毒毒素检验。
GB 4789.13—2012：
食品微生物学检验产气荚膜梭菌检验。
GB/T 4789.14—2003：
食品卫生微生物学检验蜡样芽胞杆菌检验。
GB 4789.15—2010：
食品微生物学检验霉菌和酵母计数。
GB/T 4789.16—2003：
食品卫生微生物学检验常见产毒霉菌的鉴定。
GB/T 4789.17—2003：
食品卫生微生物学检验肉与肉制品检验。
GB 4789.18—2010：
食品微生物学检验乳与乳制品检验。
GB/T 4789.19—2003：
食品卫生微生物学检验蛋与蛋制品检验。
GB/T 4789.20—2003：
食品卫生微生物学检验水产食品检验。
GB/T 4789.21—2003：
食品卫生微生物学检验冷冻饮品、饮料检验。
GB/T 4789.22—2003：
食品卫生微生物学检验调味品检验。
GB/T 4789.23—2003：
食品卫生微生物学检验冷食菜、豆制品检验。
GB/T 4789.24—2003：
食品卫生微生物学检验糖果、糕点、蜜饯检验。
GB/T 4789.25—2003：
食品卫生微生物学检验酒类检验。
GB/T 4789.26—2003：
食品卫生微生物学检验罐头食品商业无菌的检验。
GB/T 4789.27—2008：
食品卫生微生物学检验鲜乳中抗生素残留检验。
GB/T 4789.28—2003：
食品卫生微生物学检验染色法、培养基和试剂。
GB/T 4789.29—2003：
食品卫生微生物学检验椰毒假单胞菌酵米面亚种