总包配合费的计取方法如下：
计取基数
总包配合费的计取基数通常是分包工程造价，不包括设备费。
有些情况下，总包配合费也可以按照安装费的2.5%计取。
计取比例
总包配合费的费率一般在1%到3%之间，或者按照协议价计取。
另有观点认为总包配合费率为2%至5%之间。
计取方式
总包配合费通常在其他项目清单中计取，投标时不能调整，结算时也不能改变。
若总包方自己分包，则总包配合费在其他项目清单表中的第4条里面计取总承包服务费。
特殊情况
在特定情况下，总包配合费的收取标准可能会根据工程的实际情况进行调整。
有些工程可能会按照分项工程完工结算总款的百分之三收取配合费。
协商与合同
总包配合费的收取标准应由承包商和分包商进行协商确定，并在工程合同中明确规定。
建议在实际工程中，总包配合费的计取应综合考虑工程规模、复杂程度、市场行情等因素，并在合同中进行明确约定，以避免后期纠纷。