《智代After》的结局主要有以下两种：
Bad End
智代和朋也一起堕落，抚养智代。
朋也最后得了失忆症，周期性地失去记忆，智代一直陪伴在他身边，但始终没有听到朋也说出“我爱你”。
故事最后，朋也似乎因为手术失败而去世，智代在樱花树下的背影象征着这段感情的终结。
True End
智代和朋也最终和解，重新建立起真挚的友谊，并共同面对未来的人生。
智代为了Tomo能和她亲生母亲一起过完最后的日子，决定离开朋也。
结局中增加了不少情节，比如朋也如何住进医院，春原的出现，以及智代试图忘记和放弃朋也的心理过程，使得结局较为微妙，可以认为朋也最终活着。
建议根据个人喜好选择不同的结局去体验，以完全感受游戏的情感深度和故事魅力。