《沙耶之歌》的结局主要有以下几种：
病院结局
沙耶治好了郁纪的病，但郁纪无法融入正常生活，被当成精神病关了起来。在郁纪用手机与沙耶告别后，沙耶永远消失。
郁纪希望回到正常的生活，沙耶依旧无私地治好郁纪的感官障碍，但郁纪最终还是被送入精神病院。沙耶通过手机与郁纪保持联系，但两人再也无法相见。
全灭结局
耕司和医生组队一同前往，医生用冷冻弹杀死了沙耶，郁纪在杀死医生后自杀，耕司也疯了。
耕司勇闯地下城，虽然击败了触手形态的遥和战斧郁纪，但最终败给了BOSS沙耶。之后，沙耶和郁纪的孩子出世，全人类灭亡。
花开结局
沙耶牺牲自己，释放出无数的孢子，将世界改变成让郁纪感到幸福的样子。郁纪在精神病院的窗户旁，等待着沙耶的出现，两人通过手机屏幕保持着联系，但再也无法相见。
这些结局都充满了悲剧色彩，展示了主角郁纪和沙耶之间复杂的情感纠葛和命运的无奈。建议根据个人喜好选择不同的结局进行体验。