营改增后，土地增值税的预缴计税依据是 预收款项减去应预缴的增值税款。具体计算方式如下：
一般计税方法
预交土地增值税 = 预收款 / （1 + 11%） × 土地增值税预征率。
简易计税方法
预交土地增值税 = 预收款 / （1 + 5%） × 土地增值税预征率。
其中，土地增值税预征率根据各地规定有所不同，通常在1%至3%之间。
此外，需要注意的是，营改增后，纳税人转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税。具体来说：
适用增值税一般计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税销项税额。
适用简易计税方法的纳税人，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税应纳税额。
这些规定确保了土地增值税的计税基础能够准确反映房地产企业销售活动的真实收益情况，同时扣除了土地成本，体现了税收的公平性和合理性。