近曲小管和远曲小管在微细结构上有以下主要区别：
管径与腔的形状
近曲小管：管径较粗，腔小而不规则。
远曲小管：管径较细，腔大而规则。
上皮细胞类型
近曲小管：上皮为单层锥体或单层立方细胞。
远曲小管：上皮为单层立方细胞。
细胞界限与胞质
近曲小管：细胞界限不清，胞质嗜酸性，着色较深，核圆，位于基底部。
远曲小管：细胞界限较清，胞质弱嗜酸性，着色较浅，核圆，位于细胞中央。
表面特征
近曲小管：表面有刷状缘，基底有基底纵纹。
远曲小管：表面无刷状缘，基底纵纹明显。
功能
近曲小管：重吸收滤液中的主要成分、排泄某些代谢产物及药物。
远曲小管：重吸收水分、进行离子交换。
这些结构上的差异使得近曲小管和远曲小管在肾脏中扮演不同的角色，共同完成肾脏的生理功能。