我国重点治理的三湖分别是：
太湖：
中国五大淡水湖之一，位于长江三角洲的南缘，古称震泽、具区，又名五湖、笠泽。太湖在2017年已经达到了2017年治污的第十个年头，水质总体上好于1997年以前的水平，并保持了稳中向好的态势。
滇池：
云南省最大的淡水湖，有“高原明珠”之称。自上世纪90年代中期开始，国家和云南省、昆明市一直在下大力气治理滇池，已经取得了一定成效。
巢湖：
我国五大淡水湖之一，位于安徽省江淮丘陵的中部。巢湖的生态环境预计到2035年才会得到根本性的好转。
综上所述，这三大湖泊因其水质问题或地理位置的重要性而被列为国家重点治理对象。