公司可以从员工的工资中扣除的费用主要包括以下几类：
法定代扣款项
个人所得税。
社会保险费用。
法院判决要求的抚养费、赡养费。
因员工过错造成的经济损失赔偿
若员工因自身原因给单位带来经济损失，单位可以依据劳动合同的约定，要求员工赔偿经济损失。赔偿金额可以从员工工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%。
其他合法扣除
进账户手续费。
佣金（买卖双向收取，具体费率不同）。
卖出的股票需交纳的花税。
过户费（仅适用于沪市股票）。
其他扣款
请假扣款：事假一天扣工资数额=月薪除以21.75；病假一天扣工资数额=月薪除以21.75X40%。
惩罚性扣除：必须遵循合法、合理、公正的原则，且扣除金额不得超过员工当月工资的20%。
注意事项
公司不能无故克扣员工工资，必须有合理的解释和依据。
扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
若公司随意扣除员工工资且没有合理理由，则属于违法行为。
建议
员工应了解自己的工资扣除情况，确保公司扣除的每一笔费用都有明确的依据和合理的解释。
若发现公司存在违法扣除工资的情况，可以向当地劳动部门提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。