招标代理公司的合作费用根据不同的中标金额有不同的收费标准，通常有以下几种方式：
按比例收费
中标金额100万元以下，货物招标取1.5%，工程招标收取1%，服务招标收取1.5%。
中标金额100-500万元，货物招标为1.1%，服务招标0.8%，工程招标0.7%。
中标金额500-1000万元，货物招标为0.8%，服务招标0.45%，工程招标0.55%。
中标金额1000-5000万元，货物招标为0.5%，服务招标0.25%，工程招标0.35%。
中标金额5000-10000万元，货物招标为0.25%，服务招标0.1%，工程招标0.2%。
中标金额10000-100000万元，货物招标为0.05%，服务招标0.05%，工程招标0.05%。
按固定金额收费
有些情况下，招标代理费用可能是固定的，例如5万元。
按时间收费
按照代理服务的时间长度收取代理费用，例如每小时收取1000元。
建议
明确需求：在选择招标代理公司时，首先要明确自己的需求，包括招标项目的类型、中标金额等，以便选择合适的收费方式和公司。
详细沟通：与招标代理公司进行详细沟通，了解其收费标准、服务内容、合同条款等，确保双方对费用和服务内容有明确的理解。
比较多家：可以咨询多家招标代理公司，比较其收费标准和服务质量，选择最合适的公司进行合作。
这些收费标准是基于过去的文件规定，实际情况可能会有所不同，建议在具体合作前再次确认相关费用和服务内容。