外包公司扣除的费用主要包括以下几方面：
劳务费
劳务费的增值税税率根据企业类型不同分别为6%（一般纳税人）和3%（小规模纳税人或其他个人）。
管理费
一级劳务派遣企业的管理费收费标准通常为被派遣人员工资总额的8~17%。
二级劳务派遣企业的管理费收费标准通常为被派遣人员工资总额的8~14%。
其他用工成本
外包公司扣除的费用不仅包括工资，还可能包括社会保险费、福利、培训费用等用工成本项目。
税费
企业选择灵活用工时，劳务税可以从20%降至2%。
其他费用
根据不同的外包服务类型，如临时外包客服、活动外包客服和长期外包客服，收费标准也不同。例如，临时外包客服每天收费100元，活动外包客服每天收费200元，长期外包客服每月收费约1800元。
建议
企业在选择外包服务时，应综合考虑劳务费、管理费、税费及其他用工成本，选择合适的外包公司和服务类型，以确保合规且成本效益最大化。对于一般纳税人，劳务外包增值税税率为6%；对于小规模纳税人或其他个人，劳务外包增值税税率为3%。企业可以根据自身情况选择合适的税率和服务类型，以降低用工成本。