根据我国的相关劳动法律法规，公司扣员工工资通常有以下限制：
扣除比例：
公司扣除员工工资通常不得超过当月工资的20%。
最低标准：
扣除工资后，剩下的工资不能低于当地的最低工资标准。
经济损失赔偿：
如果员工因个人原因给单位带来经济损失，单位可以依据劳动合同的约定要求员工赔偿，但每月扣除的赔偿部分不得超过员工当月工资的20%。
示例计算
假设员工当月工资为5000元：
最大扣除额：5000元 × 20% = 1000元
扣除后最低工资：扣除1000元后，剩余4000元，不能低于当地最低工资标准。
建议
公司在扣除员工工资时，应严格遵守上述法律法规，确保扣除比例和方式合法合规，避免因违规操作引发法律风险。同时，公司在处理经济损失赔偿时，也应按照合同约定和相关法律规定进行，确保扣除金额合理且不超过法定限额。