案例背景
某房地产开发公司出售一幢写字楼，收入总额为10000万元。开发该写字楼的有关支出包括：
支付地价款及各种费用1000万元
房地产开发成本3000万元
财务费用中的利息支出为500万元（可按转让项目计算分摊并提供金融机构证明），但其中有50万元属加罚的利息
转让环节缴纳的有关税费共计为555万元
该单位所在地政府规定的其他房地产开发费用计算扣除比例为5%
计算步骤
确定扣除项目金额
取得土地使用权支付的地价款及有关费用：1000万元
房地产开发成本：3000万元
房地产开发费用：500万元 - 50万元 + （1000万元 + 3000万元） × 5% = 650万元
允许扣除的税费：555万元
从事房地产开发的纳税人加计扣除：（1000万元 + 3000万元） × 20% = 800万元
允许扣除的项目金额合计：1000万元 + 3000万元 + 650万元 + 555万元 + 800万元 = 6005万元
计算增值额
增值额 = 收入总额 - 扣除项目金额 = 10000万元 - 6005万元 = 3995万元
计算增值率
增值率 = 增值额 ÷ 扣除项目金额 × 100% = 3995万元 ÷ 6005万元 × 100% = 66.53%
确定适用税率和速算扣除系数
根据增值率66.53%，适用税率为40%，速算扣除系数为5%
计算应纳税额
应纳土地增值税 = 增值额 × 适用税率 - 扣除项目金额 × 速算扣除系数 = 3995万元 × 40% - 6005万元 × 5% = 1297.75万元
结论
该房地产开发公司应纳的土地增值税为 1297.75万元。
建议
房地产开发公司在计算土地增值税时，应仔细核对各项支出和费用，确保符合税法规定，并进行准确的计算。同时，应关注税收政策的变化，以便及时调整计算方法和税率。