小作坊食品生产许可证的办理流程如下：
申请
申请人在相关政务系统中填报申请资料。
登录当地食品安全监管业务申报系统，进行网上申报并拍照上传相关资料。
受理
对申请资料进行审查，对符合要求的出具受理通知书。
网上申请提交后携带纸质资料前往受理机关现场受理。
审核
受理后，由许可审查中心人员上门进行资料和现场审核。
质监局在收到申请后，会派遣工作人员前往实地核实情况，同时也会对相关产品进行抽样检测。
审批
依据审核结果作出准予行政许可的审批决定。
发证
核发食品生产许可证，并全网公示许可信息。
建议：
如果自身不懂办理资料如何填写规范或者没有时间办理，可以找代办公司全权代办。
在申请过程中，确保所有提交的材料真实、完整且符合相关法规要求，以提高办理效率。