工程项目审计流程通常包括以下几个阶段：
审前调查与审计方案编制
收集项目基本情况报告、审批过程资料、财务报告、投资完成情况报表等资料。
对建设项目进行初步认识，评估审计工作量和工作重点。
编制项目审计方案，报内部审计机构负责人审定，必要时报组织内部分管审计工作的领导批准。
审计通知书制定与送达
根据审前调查结果，抽调相关专业审计人员组成审计组。
明确审计范围、起始时间、审计组成员和组长人选。
列入审计通知书，经规定程序签发后，发送至被审计建设项目管理机构，必要时抄送其他部门和参建单位。
资料收集与了解情况
审计组按照审计通知书规定时间开展审计工作，全面了解被审计建设项目的现状。
收集前期审批、工程施工管理、物资管理、合同结算、财务会计和相关内部控制方面的文件资料。
对收集到的资料进行认真阅读和分析，开展符合性测试和实质性测试程序。
检查并测试内部控制
对被审计建设项目的内部控制系统进行检查和测试，确保其有效性和合规性。
审计实施
对组织审计的项目，由工程主审负责对审计程序、质量、进度等进行跟踪检查。
外聘人员在与施工单位核对前应将初审情况告知工程主审，由工程主审与施工单位联系并在审计局指定地点进行核对。
对审计异议问题，科室负责人召集审计组商议，并请分管领导一并参加，形成一致意见的均应形成业务会议纪要。
工程核定与结算审核
工程核定单经登记后，由审核人签字，建设、施工单位签字盖章后，送审计局，复核、批准、盖章后生效。
外聘人员负责编写工程审核情况报告、审计日记、审计工作底稿。
编写审计报告与结案
根据审计结果编制审计报告，报告中详细列明审计结果、发现的问题及建议。
审计报告经审计机构审查后，报送公司领导及有关部门。
工程竣工结算报告金额的审查时间根据金额大小有相应的审查周期。
后续工作
建设项目竣工总结算在最后一个单项工程竣工结算审查确认后15天内汇总，送发包人后30天内审查完成。
以上是工程项目审计的一般流程，具体实施过程中可能会根据项目的实际情况和审计要求有所调整。