微生物菌肥的国家标准主要包括以下三个：
微生物菌剂
对应的标准是《农用微生物菌剂GB20287-2006》，主要技术指标包括有效活菌数（cfu），亿/g（mL） ≥2.0（颗粒≥1.0）；复合菌剂中每一种有效菌的数量不得少于0.01亿/g（mL）；以单一的胶质芽胞杆菌制成的粉剂产品中有效活菌数不少于1.2亿/g。杂菌率要求液体≤10%，粉剂≤20%，颗粒≤30%。粉剂的含水量要求≤35%，颗粒的含水量≤20%。
生物有机肥
对应的标准是《生物有机肥NY 884-2012》，主要技术指标包括有效活菌数（cfu），亿/克 ≥0.2；有机质（以干基计）,%≥40%；水分≤30%。
复合微生物肥料
对应的标准是《复合微生物肥料NY/T 798—2015》，主要技术指标包括有效活菌数（cfu），亿/g（mL） ≥0.2（液体≥0.5）；含两种以上微生物的复合微生物肥料，每一种有效菌的数量不得少于0.01亿/g（mL）；总养分（N+P2O5+K2O），液体6%-20%；固体8%-25%。
这些标准确保了微生物菌肥的质量和效果，明确了有效活菌数、有机质含量、杂菌率、水分等关键指标，为微生物菌肥的生产和使用提供了明确的指导。建议生产者和用户在选择和使用微生物菌肥时，务必参照这些国家标准，确保产品质量和效果。