GPT保护分区是指 全局唯一标识分区表（GUID Partition Table, GPT）中的一个特殊分区，其作用是保护GPT分区表不受MBR（Master Boot Record）类磁盘管理软件的危害。在GPT分区方案中，如果存在不支持GPT的操作系统，保护分区可以确保这些系统将GPT识别为一个未知格式的分区，而不是错误地将其当作一个未分区的磁盘。
具体来说，保护分区是一个MBR分区表，其类型标识为0xEE，大小在Windows系统下通常为128MB，在Mac OS X系统下为200MB。这个保护分区并不用于引导操作系统，而是作为一个“陷阱”存在，确保旧的操作系统能够安全地忽略GPT分区表，从而避免引导错误。
GPT保护分区的存在使得GPT硬盘在兼容旧版操作系统时更加安全，同时也允许GPT硬盘在支持UEFI的新系统中发挥其更大的容量和分区灵活性。