水资源论证的收费标准主要实行政府指导价，具体收费方法如下：
按建设项目取水水源类别与论证等级计算
地表水：
一级：36万元
二级：26万元
三级：10万元
地下水：
一级：40万元
二级：30万元
三级：18万元
按建设项目估算投资额计算
具体费用标准可以参考相关附件，但主要计费方法还是基于上述水源类别与论证等级的计算方法。
其他说明
收费标准不含专家评审费用，如需加收费用，可由双方另行协商。
论证资质单位在编制水资源论证报告书时，如果需要进行勘察、试验等专项工作，相关费用可以另行协商确定。
建议
详细评估项目：不同的项目因其取水水源类别、论证等级和投资规模的不同，收费会有所差异。建议委托方详细评估项目的具体情况，以便更准确地了解费用预算。
咨询专业机构：由于收费标准可能涉及多个调整系数和行业差异，建议委托方咨询专业的水资源论证资质单位，以获取更精确的收费报价。
这些收费标准和方法为水资源论证提供了明确的指导，但在实际操作中，还需要结合具体项目的特点进行详细评估和协商。