公益诉讼制度的重大意义主要体现在以下几个方面：
推进国家治理体系和治理能力现代化
公益诉讼制度通过依法督促行政机关依法行政，保护社会公益，有助于完善国家治理体系，实现国家治理能力现代化。
健全社会主义法治体系
公益诉讼检察工作是完善法治监督体系的重要一环，有利于堵塞监督漏洞，织密监督网络，完善中国特色社会主义法治体系。
推进行政机关依法行政
公益诉讼检察工作的本质是助力行政机关依法行政，督促行政机关依法履职、纠正违法情形，促进提高依法行政水平。
维护社会公益和人民群众合法权益
社会公共利益本质上是人民群众的利益，保护公益就是保护人民群众合法权益。检察机关通过依法履职着力解决损害公共利益的突出问题，满足人民群众日益增长的美好生活需要。
维护市场经济秩序
在社会主义市场经济条件下，建立公益诉讼制度可以有效地维护市场经济秩序，填补对公共利益保护的盲区，弥补法律空白。
防止国有资产流失
通过公益诉讼可以有效地保护和控制国有资产，防止国有资产流失，维护国有资产安全。
维护社会稳定
公益诉讼制度可以发挥司法功能，对公益事务起到定分止争作用，防止社会动荡，维护社会稳定。
保障人民参加国家事务的管理
公益诉讼制度为社会主义民主的实现提供了现实的途径和司法保障，丰富了社会主义民主的形式，为人民参与国家事务的权利提供了新途径。
促进法治国家建设
公益诉讼制度是依法治国的重要基础，能极大地促进实现法治，实现以司法权力制约国家权力，维护法律的权威性。
保护公共利益
公益诉讼的核心目的在于维护社会公共利益，当行政主体行使职权的行为违法，侵害了公共利益或有侵害之虞时，公益诉讼提供了一种有效的法律手段。
综上所述，公益诉讼制度在多个层面都具有重大的现实意义和深远的历史价值，不仅有助于推进法治建设，维护社会秩序和公共利益，还能保障人民群众的基本权益，推动经济社会的健康发展。