发票专用章是需要进行备案的。根据国家税务总局的相关规定，发票专用章必须在公安部门指定的刻章公司刻制，并且需要统一在税务机关进行备案。这是为了保障税收管理的合法性和安全性，防止印章被仿造或滥用。
具体备案流程如下：
1. 商家需要向当地税务机关申请开章，并提供公司营业执照信息等相关材料。
2. 税务机关审核材料后，会进行网上申请，通过后会通知商家进行印章刻制。
3. 印章刻制完成后，商家需要将新刻制的发票专用章带到税务机关进行备案。备案时需提供印章的序号、面积和持有人的详细信息。
4. 税务机关完成备案后，会出具备案证明凭证，商家可以凭此凭证开具正规发票。
建议商家在刻制发票专用章时，严格按照相关规定进行备案，以确保合法合规经营。