变形金刚3女主角换人的原因是 原演员梅根·福克斯的合约到期并且与制片方存在分歧。具体原因如下：
合约到期：
梅根·福克斯在变形金刚系列电影中扮演女主角米凯拉，随着变形金刚3的制作启动，她的合约也自然到期。
与导演交恶：
梅根·福克斯在接受采访时对导演迈克尔·贝的独裁作风表示不满，并称与他合作是噩梦。这些言论惹恼了迈克尔·贝，导致他在官方宣布换角之前抢发声明，宣布不会出演《变形金刚3》。
其他因素：
还有报道称，梅根·福克斯在拍摄过程中的一些行为和态度问题，以及她的年龄和形象不再适合继续出演该系列电影，也是换角的原因之一。
综合以上信息，可以得出结论：变形金刚3女主角换人主要是因为原演员梅根·福克斯的合约到期以及她与导演迈克尔·贝之间的严重分歧。