李兰娟院士没有入选共和国勋章的原因主要可以归纳为以下几点：
荣誉名额有限：
共和国勋章和国家荣誉称号的评选标准极为严格，且荣誉名额有限。由于疫情中做出杰出贡献的人物众多，最终只有部分人能够获得这一最高荣誉。
评选过程的代表性：
尽管李兰娟院士在疫情防控中发挥了重要作用，但可能由于评选过程需要更具代表性，她并未被提名共和国勋章。
其他因素：
有观点认为李兰娟院士可能因其他原因未能获得提名，例如有人举报她从事商业活动，导致社会上出现对她不利的风评。此外，也有推测认为李兰娟院士可能主动放弃了提名，认为更大的贡献者应该是底层义务人员。
个人选择：
李兰娟院士可能认为，与那些在抗疫前线失去生命的同事相比，她所获得的荣誉和奖项已经足够，因此她可能主动放弃了共和国勋章的提名。
综上所述，李兰娟院士没有入选共和国勋章，主要是因为荣誉名额有限，评选过程需要更具代表性，以及可能存在的个人选择和其他外部因素的影响。尽管如此，她依然为社会做出了巨大贡献，并得到了全社会的尊重和称赞。