《孤岛惊魂3》的结局取决于玩家在游戏中的选择，主要有以下两种主要结局：
拯救朋友结局
如果玩家选择拯救朋友，游戏将导向一个相对正面的结局。
主角杰森·布洛迪和他的朋友们离开岛屿，但杰森在内心独白中表示他将永远无法从痛苦中恢复。
加入斯特拉结局
如果玩家选择与斯特拉一起，游戏将导向一个相对负面的结局。
杰森将杀死他的朋友，并与斯特拉在一起。
斯特拉会用刀刺伤杰森，并告诉他他会像一个战士一样死去。
此外，还存在一些变体结局，例如选择旧爱丽莎可能会导致一个号称完美的结局，但具体情况会依据玩家的选择而有所不同。
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