跑腿公司作为提供运输服务的主体，在营改增后需要交纳增值税。具体税率和缴税金额取决于公司的业务类型和收入情况。
增值税
税率：根据“营改增”政策，交通运输业的增值税税率为11%。
缴税金额：增值税=销售额×11%。
其他税种
企业所得税：根据公司利润情况，按照《中华人民共和国企业所得税法》及相关实施条例计算缴纳，税率通常为25%。
其他附加税：可能包括城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加等，具体税率和计算方法根据当地政策而定。
建议
咨询专业税务人员：由于税收法规和政策可能会有所变动，建议跑腿公司咨询专业的税务人员或会计师事务所，以确保准确计算和申报税款。
合理规划业务：通过合理规划业务结构和收入来源，可以有效降低税负，提高经营效益。
希望以上信息对跑腿公司的税务管理有所帮助。