运输公司抵扣的金额取决于多个因素，包括 运输公司的纳税人身份、所提供的服务类型、以及适用的税率。以下是几种不同情况下的抵扣金额计算方法：
一般纳税人运输企业开具的11%税率的运输发票
可以抵扣的进项税额为发票金额乘以11%。
例如，收到运输发票金额是10000元，那么可以抵扣的进项税额为10000元 × 11% = 1100元。
小规模纳税人运输企业开具的3%税率的运输发票
可以抵扣的进项税额为发票金额乘以3%。
例如，收到运输发票金额是10000元，那么可以抵扣的进项税额为10000元 × 3% = 300元。
运输企业开具的统一发票（7%税率）
可以抵扣的进项税额为发票金额乘以7%。
例如，收到运输发票金额是10000元，那么可以抵扣的进项税额为10000元 × 7% = 700元。
运输企业开具的发票上分别注明运费和杂费
可以抵扣的进项税额为运费金额乘以11%。
例如，一张发票列明总金额1000元，其中运费800元，运杂费200元，则可抵扣的进项税额为800元 × 11% = 88元。
运输企业开具的发票上未分别注明运费和杂费，而是合并注明为运杂费
不予抵扣。
其他特殊情况
某些特定类型的运输服务（如国内旅客运输服务）的进项税额可以按照特定公式计算抵扣。
综上所述，运输公司抵扣的金额根据具体情况有所不同，建议在实际应用中根据最新的税法规定和自身情况选择合适的抵扣方法。