云南自由行最佳路线有以下几种推荐：
昆明-大理-丽江-香格里拉
路线描述：这是一条非常经典的线路，交通发达，旅游信息开放。沿线包括大理的洱海、南诏风情岛、小普陀、观音阁、苍山、清碧溪、大理古城、洋人街；丽江的古城四方街、黑龙潭、云杉坪、玉龙雪山、束河、白沙村；香格里拉的长江第一湾、虎跳峡、中甸普达措国家森林公园及佛教圣地-松赞林寺。
推荐理由：这条线路自然风光和民俗风情融为一体，充分展示出云南的神奇与美丽，是云南旅游的标志性路线。
昆明-西双版纳-中缅
路线描述：西双版纳是世界北回归线上仅存的一片绿洲，是中国唯一保存的一块热带森林区。沿线包括傣族早市、傣寨、勐仑植物园、版纳原始森林公园、傣族泼水、傣族歌舞表演；中缅边境的打洛独树成林、景真八角亭、边贸集市、国门、界碑，以及出境游的卧佛寺、和平塔、大金塔、戒毒展览、人妖表演。
推荐理由：西双版纳以其美丽的自然风光、富饶的自然资源和独特的民族文化吸引着众多游客，是云南热带风光的代表。
昆明-石林-民族村
路线描述：适合时间较紧的游客，石林是云南旅游的标志，民族村则集云南各民族的历史文化、民俗风情、建筑艺术、音乐舞蹈、宗教信仰、生活环境为一体。
推荐理由：这条线路虽然景点较少，但非常集中，内涵丰富，适合时间紧迫的游客快速了解云南的主要民族文化和自然风光。
昆明-大理-丽江-泸沽湖-香格里拉
路线描述：这条线路涵盖了云南最经典的景点，每个地方都有机场，交通非常便利。具体行程包括昆明、大理、丽江、泸沽湖和香格里拉，每个地方都有丰富的旅游活动和景点。
推荐理由：这条线路经典景点多，集中，交通方便，适合第一次来云南旅游的游客，可以根据自己的时间随意搭配行程。
建议
时间充裕：如果时间充裕，建议选择 昆明-大理-丽江-泸沽湖-香格里拉或 昆明-大理-丽江-香格里拉-西双版纳-中缅，这样可以充分体验云南的多元文化和自然风光。
时间紧迫：如果时间紧迫，建议选择 昆明-石林-民族村或 昆明-大理-丽江，这样可以快速了解云南的主要景点和民族文化。
无论选择哪条路线，都建议提前预订好酒店和交通工具，确保行程的顺利进行。