爱新觉罗·永琪的死因存在多种说法：
疾病致死
永琪在乾隆三十一年（1766年）三月因患附骨疽病不幸去世。附骨疽是一种通过体虚、受凉或受寒湿侵袭而引起的疾病，其特点是寒热往来、筋骨疼痛等。有人猜测永琪在野外射猎时不慎感染了该病，还有人认为他在行完房事后覆盖不当导致了此症。
宫廷斗争
有传言称，永琪并非因病去世，而是卷入了宫廷斗争，被迫自尽。在永琪的身上，有一些不明显的伤痕，这些伤痕与疾病无关，更像是外力所致。这一发现证实了那个流传数百年的传言：永琪并非因病去世，而是死于非命。他们认为，这些伤痕可能是永琪在宫廷斗争中遭受的攻击所致。
人为因素
在电视剧《如懿传》中，永琪是被卫嬿婉设计得了附骨疽之症死的。剧中，卫嬿婉忌惮永琪认为他会成为自己儿子的绊脚石，便想出了一个一石二鸟的计策，找来了当年如懿害死的田嬷嬷的女儿田芸角，把她安排进永琪的身边成为了永琪的妾室。这个女人天天吹枕边风离间永琪与如懿之间关系，并且更是暗害永琪。不仅疏远了永琪和如懿，更使永琪得上附骨疽之症。
综合以上信息，永琪的死因主要围绕疾病、宫廷斗争和人为因素展开。虽然具体死因存在不同说法，但附骨疽病是永琪去世的一个重要原因。