李莲英的死因存在多种说法，以下是几种较为可信的解释：
因病去世
李莲英晚年吸食大烟成瘾，身体状况每况愈下，最终因“烟后痢”（即抽大烟后得的痢疾）而死。这种说法得到了李莲英过继之孙李祥的证实，并且历史资料也显示他晚年身体衰弱，有严重的哮喘病。
被暗杀
李莲英在拜谒慈禧陵寝后回家途中被人杀死，也有说法是他被宫中的仇敌暗杀。具体被杀的地点和情景存在多种版本，但普遍认为他并非正常死亡。
被革命党人杀害
李莲英死在辛亥革命时期，有说法称他因涉及贪污腐败或其他罪行被革命党人处决。
意外死亡
李莲英在去山东无棣县看望侄孙女的途中，被强人所杀，两个侍从无法运回全尸，只好带回一个人头。
自杀
李莲英晚年生活孤独，受到外界压力，可能因痛苦和绝望而选择自杀。
身首异处
有推测认为李莲英的头部可能是死后被割下来的，作为对他罪行的惩罚，或者为了防止他“借尸还魂”。
综合以上各种说法， 因病去世和 被暗杀是目前较为可信的两种解释。李莲英在1911年去世，享年63岁，他的死因至今仍有多种说法，但因病去世的可能性较大。