内涵段子被关停的主要原因是 导向不正和格调低俗。国家广播电视总局在督察“今日头条”网站整改工作中，发现“内涵段子”客户端软件和相关公众号存在导向不正、格调低俗等突出问题，引发了网民的强烈反感。
具体来说，内涵段子的内容涉及低俗、不健康的信息，这些内容不仅违反了国家相关法律法规，也与社会主义核心价值观背道而驰。国家广播电视总局依据相关法规，责令“今日头条”永久关停“内涵段子”客户端软件及公众号，并要求该公司全面清理类似视听节目产品。
此外，今日头条创始人张一鸣在回应“内涵段子”被停一事中表示，公司片面注重增长和规模，忽视了引导用户获取正能量信息的责任，对承担企业社会责任、弘扬正能量、把握正确的舆论导向认识不够，这也是导致“内涵段子”被关闭的一个重要原因。
综上所述，内涵段子被关停的原因主要是其内容导向不正、格调低俗，以及公司在内容管理和价值观引导方面的不足。