龙眼的品种多样，各具特色。以下是一些主要的龙眼品种：
大乌圆龙眼：
别名大龙眼、砂眼、荔枝龙眼，原产广西容县，是广西主栽品种，近几年广东也种植不少。果大，平均单果重15-20克，最大可达31克，是我国最大的龙眼良种。果皮黄褐色，果肉蜡白色，半透明，离核易，肉厚，肉质较爽脆，甜味稍淡，品质中等。
储良龙眼：
原产广东高州市分界镇储良村，是龙眼著名珍稀优良品种。果大核小粗生，早结丰产。叶片深绿色披针形，果皮黄褐色，果肉乳白色，半透明，肉质细嫩，味浓甜，品质中上，可溶性固形物23.18%，酸0.11%，每100克果肉含维生素C86.2毫克，种子白色，焦核率80%以上。
白核龙眼：
原产福建省莆田市，种皮白色为本品种的最大特征。果实圆形，深黄褐色，龟状纹明显。果重6.5-8.0克，果肉乳白色，半透明，肉质细嫩，味浓甜，品质中上，可溶性固形物23.18%，酸0.11%，每100克果肉含维生素C86.2毫克，种子白色，焦核率80%以上。
石硖龙眼：
又名十叶、石圆、脆肉等，原种出自中国广东南海平洲。果实品质上乘，肉质爽脆，果形近圆形，可溶性固形物23%，全糖含量13%。该品种有3个品系：黄壳石硖、青壳石硖与宫粉壳石硖。
四季蜜龙眼：
是用“四季蜜”龙眼母树枝条高位接穗于石硖龙眼树，再应用该单株在石硖成年植株上高接换种500多株，经生物学特性观察和果实品质鉴定而培育成的。具有1年多次成花坐果的特性，是我国有名的龙眼品种之一。
福眼龙眼：
又名福圆、虎眼，是中熟品种，成熟果实扁圆形，果粒大小均匀，果皮褐黄色，龟甲状裂纹不明显，果肉乳白色、半透明，肉质细腻，汁多肉厚，味清甜，核可入药。产量高，果大肉厚，不过含糖量较低，鲜食味较淡，可焙干，但焙干率较低，且果壳易凹陷和破裂，最适罐藏，营养美味。
古山二号龙眼：
是早熟品种的龙眼，栽培于广东省揭东县。果实中等，果肉呈蜡黄色，半透明。与石峡龙眼相比，古山二号龙眼的果形略大偏圆，单果重量在10到12克左右。果皮呈黄褐色，口感鲜甜爽脆，离核不流汁。
草铺种龙眼：
果实圆球形或略扁圆形，中等大。果皮赤褐色或黄灰褐色，有龟状纹。果肉白蜡色至浅黄蜡白色，半透明，离核较易。品质上等可食率63.76%，可溶性固形体18.91-19.8%。果实成熟期8月下旬至9月下旬，中迟熟种。
水涨龙眼：
又名有种，分为白壳有与红壳有两种。树型高大开张，果穗长大，果粒平均重15克，魁级率85%以上。果肉厚脆，味淡甜；适宜制罐，焙干也可，但果皮薄容易凹陷。水涨的特点是比较丰产稳产，适应性强，容易栽培，为近年扩种的热门品种。
凤梨穗龙眼：
为同安县祥桥乡特有的鲜食品种。其树形类似水涨，果穗长达半米，果粒中大，均匀美观，果皮薄，果肉厚而脆，味甜适口，鲜食最好。该种适应性广，丰产稳产，实为众龙眼品种中一枝独秀。
此外，还有一些其他品种如 双孖木龙眼、 普明庵龙眼、 青壳宝元龙眼、 双木龙眼、