当企业丢失增值税专用发票抵扣联时，应根据不同情况采取相应措施。以下是详细处理步骤：
同时丢失发票联和抵扣联
联系供应商，取得相应发票的记账联复印件，并要求加盖销售方的发票专用章。
仅丢失抵扣联
凭相应发票的发票联复印件作为增值税进项税额的抵扣凭证或退税凭证，无需加盖销售方的发票专用章。
仅丢失发票联
凭相应发票的抵扣联复印件作为记账凭证，无需加盖销售方的发票专用章。
已认证相符的情况
购买方凭销售方提供的记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
未认证的情况
购买方需凭销售方提供的记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符后，凭记账联复印件及《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
报告主管税务机关
纳税人丢失增值税专用发票抵扣联后，应于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。
办理发票遗失手续
具体流程可能因地区而异，需联系当地税务机关了解详细手续。
其他特殊情况
对于出口企业，丢失增值税专用发票抵扣联后，需按照相关出口退税规定办理，例如提供相应的证明文件和补办手续。
通过以上步骤，企业可以妥善处理增值税专用发票抵扣联的丢失问题，确保税务处理的合规性。