日本自由行最佳路线有以下几种推荐：
东京-箱根-京都-大阪线
第1天：抵达东京，游览浅草寺、仲见世商店街，晚上前往东京塔欣赏夜景。
第2天：乘坐新干线前往富士山五合目，欣赏富士山美景，中午在五合目附近用餐，下午前往箱根享受温泉之旅。
第3天：乘坐新干线前往京都，游览清水寺、二年坂三年坂、花见小路，晚上在大阪心斋桥和道顿堀逛街。
第4天：游览奈良公园、小鹿互动，中午在奈良公园附近用餐，下午返回京都游览金阁寺。
第5天：从京都乘坐新干线或飞机离开日本。
东京-镰仓-箱根-日光线
第1天：抵达东京，游览新宿、涩谷，晚上前往东京塔。
第2天：乘坐电车前往镰仓，游览镰仓大佛、鹤岗八幡宫。
第3天：前往箱根，享受温泉之旅。
第4天：前往日光，游览日光东照宫。
大阪-京都-奈良线
第1天：抵达大阪，游览大阪城公园、心斋桥、道顿堀。
第2天：前往京都，游览伏见稻荷大社、清水寺、二年坂三年坂、花见小路。
第3天：前往奈良，游览奈良公园、东大寺、春日大社。
东京-京都-箱根-富士山线
第1天：抵达东京，游览浅草寺、东京塔。
第2天：乘坐新干线前往富士山五合目，欣赏富士山美景，中午在五合目附近用餐，下午前往箱根享受温泉之旅。
第3天：在箱根享受温泉和自然风光。
东京-箱根-京都-奈良-大阪线
第1天：抵达东京，游览浅草寺、东京塔。
第2天：乘坐新干线前往箱根，享受温泉之旅。
第3天：乘坐新干线前往京都，游览清水寺、二年坂三年坂、花见小路。
第4天：前往奈良，游览奈良公园、东大寺、春日大社。
第5天：前往大阪，游览大阪城公园、心斋桥、道顿堀。
根据个人喜好和需求，可以选择以上任意一条路线进行日本自由行。如果时间充裕，建议选择涵盖更多城市和景点的路线，以便更全面地体验日本的自然风光和文化。