运输发票的税率6%和9%主要存在以下区别：
税率不同
6%的税率适用于特定商品和服务，如食品、药品、洗涤用品和书籍等日常消费品，以及某些电子商务的商品。
9%的税率适用于非特定商品和服务，包括教育服务、餐饮服务、租赁服务等。对于运输服务，9%的税率适用于陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务、管道运输服务、无运输工具承运业务等。
计算方式不同
6%的税率计算方式是发票金额乘以6%。
9%的税率计算方式是发票金额乘以9%。因此，同样的发票金额，9%税率的运输发票所含税金要比6%税率的多。
使用对象不同
6%的税率一般适用于服务业的普通运输，例如普通货物的物流配送、快递等，这些货物属于一般的物流辅助服务，不属于特种货物。
9%的税率适用于交通运输服务，例如陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务、管道运输服务、无运输工具承运业务等，这些服务具有一定的特殊性，需要采取特殊的措施进行运输。
适用范围不同
6%的税率适用于一般纳税人，即具备一般纳税人资格的企业。
9%的税率适用于小规模纳税人，即符合条件的小规模纳税人企业。
发票金额表示不同
6%的税率下的发票金额为含税金额，即包含税额。
9%的税率下的发票金额为不含税金额，即不包含税额。
税收影响不同
6%的税率影响一般纳税人的应纳税额，计算公式为销项税额减去买进商品的进项税额。
9%的税率影响小规模纳税人的应纳税额，计算公式为销售额乘以税率。
总结：
运输发票的税率6%和9%在税率、计算方式、使用对象、适用范围、发票金额表示以及税收影响等方面均存在明显的区别。企业在开具运输发票时，应根据货物种类和纳税人资格选择正确的税率，并确保合规操作，以避免涉税风险。