微生物的种类繁多，可以根据不同的分类方式进行划分。以下是一些主要的分类方式及微生物种类：
按细胞结构分类
原核细胞型微生物：这类微生物为单细胞结构，没有核膜包裹的细胞核，DNA分布在细胞质中。包括细菌、放线菌、螺旋体、支原体、衣原体等。
真核细胞型微生物：这类微生物为单细胞或多细胞结构，具有核膜、核仁及典型的细胞核结构，细胞器完善。包括真菌、藻类、原生动物等。
非细胞结构型微生物：这类微生物没有细胞膜和细胞结构，仅由核酸（DNA或RNA）和蛋白质构成，必须寄居在专性活细胞内才能体现生命特征。包括病毒和亚病毒。
按肉眼可见性分类
肉眼可见微生物：如蘑菇、灵芝等真菌类。
肉眼不可见微生物：大多数微生物如细菌、病毒等个体微小，需要借助显微镜才能看见。
按应用领域分类
食品领域：如细菌、酵母菌等用于食品发酵和保藏。
医药领域：如病毒、真菌等用于药物研发和治疗。
工农业领域：如细菌、放线菌等用于生物肥料和生物防治。
环保领域：如微生物处理污水和废气中的污染物。
按具体种类分类
细菌：包括球菌、杆菌、螺旋菌、弧菌等多种形态。
病毒：包括腺病毒、噬菌体、动物病毒、植物病毒等。
真菌：包括接合菌、囊子菌、霉菌和大型真菌等。
放线菌：球形菌、蓝藻、衣藻、酵母菌等。
立克次体、 支原体、 衣原体、 螺旋体：均属于原核细胞型微生物。
藻类：如硅藻、腰鞭毛虫等。
原生动物：如阿米巴原虫、草履虫等。
这些分类方式并不是相互排斥的，一个微生物可以同时属于多个分类。例如，病毒既是原核细胞型微生物，也是非细胞结构型微生物。了解这些分类有助于更好地理解微生物的特性和应用。