明朝的行政区划主要包括以下几个层次：
两京
北直隶
南直隶
十三布政使司
山东
山西
河南
陕西
四川
湖广
江西
浙江
广东
广西
云南
贵州
福建
都指挥使司
全国设置16个都司
5个行都司（辅助都司，只在陕西、山西、湖广、福建、四川五省设立）
2个留守司（在陪都设置的官署）
羁縻卫所
设于边疆非主体民族地区，以当地首领为都督、都指挥、指挥、千百户、镇抚等官，赐给敕书印记，辖都司卫所，掌当地军民政事
例如青藏地区设有乌思藏都司、朵甘都司
府、州、县
140府
193州
1138县
明朝的行政区划大体上承袭元朝，但进行了一些调整，如将行省改为承宣布政使司，并设立都指挥使司、提刑按察使司等，以加强中央集权。明朝的行政区划设置对后世产生了深远影响，为清朝及现代行政区划奠定了基础。