深中肯綮和鞭辟入里这两个成语的区别主要体现在以下几个方面：
使用范围
深中肯綮：主要用于文章和事物，意思是比喻分析深刻，能击中要害，或能说到点子上。
鞭辟入里：主要用于作学问切实，意思是形容作学问切实，也形容分析透彻，切中要害。
语气程度
深中肯綮：语气较强烈，强调分析的深刻性和针对性。
鞭辟入里：带文言色彩，一般不用于口语，强调学问的切实和分析的透彻性。
出处
深中肯綮：出自《庄子集释》：“依乎天理，批大郤，道大窾，因其固然。”。
鞭辟入里：出自盛宣怀《上张香帅书》：“侄忝承付托，责无旁贷，必当鞭辟入里，成一完全商办大厂，为天下创。”。
总结：
深中肯綮和鞭辟入里虽然都用于形容分析深刻、切中要害，但使用范围不同，前者侧重于文章和事物，后者侧重于学问和切实的分析。在语气程度上，深中肯綮更为强烈，而鞭辟入里则带有一定的文言色彩，不常用于口语。出处方面，两者分别出自不同的古籍。