《覆雨翻云》的结局如下：
燕王登基 ：燕王最终登基成为皇帝，善待蒙古人。风行烈和梦瑶：
风行烈和秦梦瑶最终在一起。
范良极和云清：
范良极和云清也最终在一起。
虚夜月的选择：
虚夜月最终选择了韩柏，两人一起去了岭南。
允炆的败亡：
允炆军队失去蒙古军队支持，叶素冬倒戈打开城门，允炆败亡，被活捉至殿上。允炆为求活命，供出当日正是他下毒害死朱元璋。
其他人物结局
鹰飞与戚长征决战被杀。
里赤媚与鬼王虚若无决战后两败俱伤返回西域退隐。
甄素善与小魔师方夜羽看大势已去，听从庞斑劝告返回塞外，不在图谋中原。
浪翻云与庞斑拦江一战后双双破碎虚空。
秦梦瑶辞去掌门之位，到大漠找到了风行烈，两人一起隐居。
总的来说，《覆雨翻云》的结局是一个大团圆的结局，三对有情人终成眷属，主要人物都得到了应有的归宿。