南京房产公司的税率涉及多个环节和税种，具体如下：
购买环节
契税：房产原值×3%。
印花税：房产原值×0.05%。
持有环节
房产税：
按年计征，税率为房产原值×80%×1.2%。
另一种以租计算房产税的方式，税率为租金×1.2%。
土地使用税：所占土地面积×规定的税额（各区不同地段不同）。
交易环节
企业所得税：（销售价格-房产净值）×25%。
营业税：二手房交易所得营业税税率为3%。
土地增值税：按增值幅度从30%-60%不等。
印花税：销售价格×0.05%。
其他相关税率
增值税：税率为5%。
个人所得税：根据收入的不同，税率分别为3%、5%、10%、20%、25%、30%、35%和45%。
契税：
家庭唯一住房且面积在90平方米及以下的，税率为总房款的1%。
家庭唯一住房且面积在90平方米以上的，税率为总房款的1.5%。
购买第二套住房，面积在90平方米及以下的，税率为总房款的1%。
购买第二套住房，面积在90平方米以上的，税率为总房款的2%。
三套房，税率为3%。
建议南京房产公司在涉及具体税务问题时，咨询当地税务机关或专业税务顾问，以确保准确合规。