公司扣底薪时，应当支付的合适金额是 工资报酬的25%作为经济补偿金。此外，如果克扣工资的行为导致劳动者辞职，劳动者还有权要求支付相当于工资报酬百分之二十五的经济补偿金。
需要注意的是，具体的赔偿金额可能会受到多种因素的影响，例如克扣工资的数量、拖欠时间、劳动者的实际收入以及所在地的工资水平等。因此，在实际操作中，建议结合具体情况来确定赔偿金额，并确保符合相关法律规定。
如果公司无故克扣工资，劳动者可以向当地劳动监察部门举报，并要求用人单位支付应支付的工资报酬及其25%的经济补偿金。若用人单位逾期不改正，劳动行政部门可以责令其按应付金额的50%以上至1倍以下的标准向劳动者加付赔偿金。