重庆公司高企认定的奖励金额如下：
首次通过认定
渝中区：一次性奖励最高50万元。
江北区：一次性给予20万元的认定奖励。
南岸区：规模以上企业20万元，规模以下企业15万元。
万州区：规模以上企业50万元，规模以下企业30万元，重新认定10万元。
连续三次通过认定且得分在70分（不含70分）以上
高新区：非“四上”企业20万元、30万元、50万元标准。
其他情况
大渡口区：首次认定15万元，再次认定5万元，规模以上首次认定20万元，再次认定10万元。
渝北区：首次认定20万元，复审通过10万元。
研发投入补助
第三次通过认定：每项补助研发经费20万元。
科技型企业管理系统更新
入库企业：按时更新年报数据后，一次性给予1万元奖励。
建议企业根据自身情况选择适合的奖励政策，并咨询当地科技或财政部门获取详细申报要求和流程。