关于公司午休超时罚款的合法性问题，我们可以参考以下法律法规：
《劳动保障监察条例》第二十五条
用人单位违反劳动保障法律、法规或者规章延长劳动者工作时间的，由劳动保障行政部门给予警告，责令限期改正，并可以按照受侵害的劳动者每人100元以上500元以下的标准计算，处以罚款。
《劳动法》第九十条
用人单位违反本法规定，延长劳动者工作时间的，由劳动行政部门给予警告，责令改正，并可以处以罚款。
《违反；行政处罚办法》第五条
用人单位每日延长劳动者工作时间超过三小时或每月延长工作时间超过三十六小时的，应给予警告，责令改正，并可按每名劳动者每超过工作时间一小时罚款一百元以下的标准处罚。
《工资支付暂行规定》第十五条
用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
用人单位代扣代缴的个人所得税；
用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
结合以上法规，我们可以得出以下结论：
如果公司午休超时罚款是依据内部管理制度且该制度已经过法定程序制定并向员工公示，那么罚款是合法的。但罚款标准通常不得超过每人100元以上500元以下。
如果公司没有明确的规章制度或罚款标准不合法，或者罚款未经法定程序制定或未向员工公示，那么罚款可能是不合法的。
因此，公司在制定午休超时罚款政策时，必须确保其合法性，并且罚款标准应当在法律规定的范围内。如果员工认为罚款不合理或违法，可以向当地劳动监察部门投诉举报。