关于公司离职扣税费的合法性问题，可以总结如下：
免税部分
离职补偿金在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，是 免征个人所得税的。
应税部分
离职补偿金超过当地上年职工平均工资3倍数额的部分，需要 单独适用综合所得税率表计算纳税。
具体计算方法
对于超过3倍数额的部分，不并入当年综合所得，而是单独按照综合所得税率表计算税额。例如，若一次性补偿收入为5万元，而当地上年职工平均工资的3倍为10万元，则前10万元免征个人所得税，超出部分（5万元）需按3%的税率计算税额，即5万元 * 3% = 1500元。
其他注意事项
如果个人办理提前退休手续而取得的一次性补贴收入，应按照办理提前退休手续至法定离退休年龄之间实际年度数平均分摊，确定适用税率和速算扣除数，单独适用综合所得税率表，计算纳税。
在计算个人所得税时，个人按国家和地方政府规定比例实际缴纳的住房公积金、医疗保险金、基本养老保险金、失业保险基金在计税时应予以扣除。
综上所述，公司在计算离职补偿金的个人所得税时，应确保遵守相关税法规定，对于免税部分予以免征，对应税部分则按照综合所得税率表单独计算税额。