公司实发给员工的工资数额取决于多个因素，包括应发工资、五险一金个人缴纳部分、应缴个人所得税以及其他公司代扣项目。具体的计算公式如下：
应发工资
应发工资是根据劳动者付出的劳动应当得到的工资待遇，包括基本工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资等。
实发工资
实发工资是用人单位应当实际支付给劳动者的工资报酬，计算公式为：实发工资 = 应发工资 - 五险一金个人缴纳部分 - 应缴个人所得税 - 其他公司代扣项目（如党费、工会费用等）。
个人所得税
个人所得税是根据工资收入金额扣除个人代扣五险一金费用和免征额（如5000元）后，按照税率和速算扣除数计算得到的。
五险一金
五险一金包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险和住房公积金，个人缴纳部分需要从应发工资中扣除。
示例计算
假设某员工的应发工资为6000元，个人社保及公积金个人部分为500元，个人所得税免征额为5000元，税率为10%，速算扣除数为2520元。
应发工资 ：6000元五险一金个人缴纳部分：
500元
应缴个人所得税
应纳税所得额 = 6000元 - 5000元 = 1000元
应纳税额 = 1000元 × 10% - 2520元 = -1520元（即无需缴纳个人所得税）
实发工资
实发工资 = 6000元 - 500元 - 0元 - 0元 = 5500元
因此，该员工实际到手的工资为5500元。
建议
明确约定：
在劳动合同中应明确约定工资是税前工资还是税后工资，以便员工和用人单位对实发工资有清晰的认识。
税务筹划：企业可以通过合理的税务筹划，降低员工的个人所得税负担，提高实发工资。
透明度：用人单位应确保工资发放的透明度和公正性，避免因扣款不明确而产生纠纷。